Denario 是一个多智能体人工智能系统，旨在自动化科学研究工作流程，从初始数据分析到可发表的手稿。它基于 AG2 和 LangGraph 框架构建，协调多个专门代理来处理假设生成、方法开发、计算分析和论文写作。

deepTools 是一套全面的 Python 命令行工具，旨在处理和分析高通量测序数据。使用 deepTools 为 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq、MNase-seq 和其他 NGS 实验执行质量控制、标准化数据、比较样本并生成出版质量的可视化结果。

DeepChem 是一个综合性 Python 库，用于将机器学习应用于化学、材料科学和生物学。通过专门的神经网络、分子特征化方法和预训练模型，实现分子特性预测、药物发现、材料设计和生物分子分析。

Datamol 是一个 Python 库，它在 RDKit 上为分子化学信息学提供了一个轻量级的 Python 抽象层。通过合理的默认值、高效的并行化和现代 I/O 功能来简化复杂的分子操作。所有分子对象都是原生 rdkit.Chem.Mol 实例，确保与 RDKit 生态系统完全兼容。

提供对 Data Commons Python API v2 的全面访问，用于查询统计观察结果、探索知识图和解析实体标识符。数据共享将来自人口普查局、卫生组织、环境机构和其他权威来源的数据汇总到统一的知识图谱中。

Dask 是一个用于并行和分布式计算的 Python 库，它支持三个关键功能：

COSMIC（癌症体细胞突变目录）是世界上最大、最全面的探索人类癌症体细胞突变的数据库。以编程方式访问 COSMIC 广泛收集的癌症基因组数据，包括数千种癌症类型的数百万个突变、精心策划的基因列表、突变特征和临床注释。

COBRApy 是一个用于代谢模型基于约束的重建和分析 (COBRA) 的 Python 库，对于系统生物学研究至关重要。使用基因组规模的代谢模型，对细胞代谢进行计算模拟，进行代谢工程分析并预测表型行为。

ClinVar 是 NCBI 可免费访问的关于人类遗传变异和表型之间关系的报告档案，并附有支持证据。该数据库汇总了有关基因组变异及其与人类健康关系的信息，提供临床遗传学和研究中使用的标准化变异分类。

ClinPGx（临床药物基因组学数据库）是临床药物基因组学信息的综合资源，是 PharmGKB 的继承者。它整合了 PharmGKB、CPIC 和 PharmCAT 的数据，提供有关遗传变异如何影响药物反应的精选信息。获取基因药物对、临床指南、等位基因功能和药物标签，以实现精准医学应用。

ClinicalTrials.gov 是全球临床研究的综合注册中心，由美国国家医学图书馆维护。访问 API v2 来搜索试验、检索详细的研究信息、按各种标准进行过滤以及导出数据进行分析。该 API 是公开的（无需身份验证），速率限制为每分钟约 50 个请求，支持 JSON 和 CSV 格式。

临床报告撰写是精确、准确并符合监管标准的记录医疗信息的过程。该技能涵盖临床报告的四大类：用于期刊出版的病例报告、用于临床实践的诊断报告、用于监管提交的临床试验报告以及用于医疗记录的患者文档。将此技能应用于医疗保健文档、研究传播和法规遵从性。

为制药公司、临床研究人员和医疗决策者生成专业的临床决策支持 (CDS) 文档。该技能专门研究分析、循证文件，为治疗策略和药物开发提供信息：

在整个研究和写作过程中系统地管理引用。该技能提供了用于搜索学术数据库（Google Scholar、PubMed）、从多个来源（CrossRef、PubMed、arXiv）提取准确元数据、验证引文信息以及生成格式正确的 BibTeX 条目的工具和策略。

ChEMBL 是由欧洲生物信息学研究所 (EBI) 维护的手动管理的生物活性分子数据库，包含超过 200 万种化合物、1900 万个生物活性测量值、13,000 多个药物靶点以及已批准药物和临床候选药物的数据。使用 ChEMBL Python 客户端以编程方式访问和查询这些数据，以进行药物发现和药物化学研究。

CZ CELLxGENE Census 提供对来自 CZ CELLxGENE Discover 的全面、版本化的标准化单细胞基因组数据集合的编程访问。这项技能可以对数千个数据集中的数百万个细胞进行高效查询和分析。

BioServices 是一个 Python 包，提供对大约 40 个生物信息学 Web 服务和数据库的编程访问。检索生物数据、执行跨数据库查询、映射标识符、分析序列以及在 Python 工作流程中集成多种生物资源。该包透明地处理 REST 和 SOAP/WSDL 协议。

这项技能提供了基于 Python 的高效工具，用于从 bioRxiv 数据库中搜索和检索预印本。它支持按关键字、作者、日期范围和类别进行全面搜索，返回结构化 JSON 元数据，包括标题、摘要、DOI 和引文信息。该技能还支持 PDF 下载以进行全文分析。

Biopython 是一套全面的免费 Python 生物计算工具。它提供序列操作、文件 I/O、数据库访问、结构生物信息学、系统发育学和许多其他生物信息学任务的功能。当前版本是 Biopython 1.85（2025 年 1 月发布），支持 Python 3，需要 NumPy。

Biomni 是斯坦福大学 SNAP 实验室的开源生物医学 AI 代理框架，可自主执行跨生物医学领域的复杂研究任务。在处理多步骤生物推理任务、分析生物医学数据或进行基因组学、药物发现、分子生物学和临床分析研究时，可以使用此技能。