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PyOpenMS 提供与 OpenMS 库的 Python 绑定以进行计算质谱分析，从而能够分析蛋白质组学和代谢组学数据。用于处理质谱文件格式、处理光谱数据、检测特征、识别肽/蛋白质以及执行定量分析。
Pymoo 是一个全面的 Python 优化框架，重点关注多目标问题。使用最先进的算法（NSGA-II/III、MOEA/D）、基准问题（ZDT、DTLZ）、可定制的遗传算子和多标准决策方法来解决单目标和多目标优化。擅长为目标相互冲突的问题寻找权衡解决方案（帕累托前沿）。
Pymatgen 是一个用于材料分析的综合 Python 库，为材料项目提供支持。创建、分析和操纵晶体结构和分子，计算相图和热力学性质，分析电子结构（能带结构，DOS），生成表面和界面，并访问材料项目的计算材料数据库。支持来自各种计算代码的 100 多种文件格式。
PyHealth 是一个用于医疗保健 AI 的综合 Python 库，为临床机器学习提供专用工具、模型和数据集。在开发医疗保健预测模型、处理临床数据、使用医疗编码系统或在医疗保健环境中部署人工智能解决方案时，请使用此技能。
Pydicom 是一个纯 Python 包，用于处理 DICOM 文件，这是医学成像数据的标准格式。此技能提供有关读取、写入和操作 DICOM 文件的指导，包括使用像素数据、元数据和各种压缩格式。
PyDESeq2 是 DESeq2 的 Python 实现，用于使用批量 RNA-seq 数据进行差异表达分析。设计和执行从数据加载到结果解释的完整工作流程，包括单因素和多因素设计、具有多重测试校正的 Wald 测试、可选的 apeGLM 收缩以及与 pandas 和 AnnData 的集成。
PufferLib 是一个高性能强化学习库，专为快速并行环境模拟和训练而设计。它通过优化的矢量化、本机多代理支持和高效的 PPO 实现 (PuffeRL) 实现每秒数百万步的训练。该库提供了包含 20 多个环境的 Ocean 套件，并与 Gymnasium、PettingZoo 和专门的 RL 框架无缝集成。
PubMed 是美国国家医学图书馆的综合数据库，提供免费访问 MEDLINE 和生命科学文献。使用布尔运算符、MeSH 术语和字段标签构建高级查询，通过 E-utilities API 以编程方式访问数据，以进行系统评价和文献分析。
PubChem 是世界上最大的免费化学数据库，包含 1.1 亿多种化合物和 2.7 亿多种生物活性。按名称、CID 或 SMILES 查询化学结构，检索分子属性，执行相似性和子结构搜索，使用 PUG-REST API 和 PubChemPy 访问生物活性数据。
.pptx 文件是包含 XML 文件和资源的 ZIP 存档。使用文本提取、原始 XML 访问或 html2pptx 工作流程创建、编辑或分析 PowerPoint 演示文稿。将此技能应用于程序化演示文稿创建和修改。
使用 Python 库和命令行工具提取文本/表格、创建 PDF、合并/拆分文件、填写表单。将此技能应用于程序化文档处理和分析。有关高级功能或表单填写，请参阅 reference.md 和 forms.md。
RCSB PDB 是生物大分子 3D 结构数据的全球存储库。搜索结构、检索坐标和元数据，在 200,000 多个实验确定的结构和计算模型中执行序列和结构相似性搜索。
PathML 是一个用于计算病理学工作流程的综合 Python 工具包，旨在促进全幻灯片病理图像的机器学习和图像分析。该框架提供了模块化、可组合的工具，用于加载不同的幻灯片格式、预处理图像、构建空间图、训练深度学习模型以及分析来自 CODEX 和多重免疫荧光等技术的多参数成像数据。
NetworkX 是一个用于创建、操作和分析复杂网络和图形的 Python 包。在处理网络或图形数据结构时使用此技能，包括社交网络、生物网络、运输系统、引文网络、知识图或涉及实体之间关系的任何系统。
Molfeat 是一个用于分子特征化的综合 Python 库，它统一了 100 多个预先训练的嵌入和手工制作的特征器。将化学结构（SMILES 字符串或 RDKit 分子）转换为机器学习任务的数值表示，包括 QSAR 建模、虚拟筛选、相似性搜索和深度学习应用。具有快速并行处理、scikit-learn 兼容变压器和内置缓存。
代谢组学工作台是一个由 NIH 共同基金资助的综合平台，托管在 UCSD，作为代谢组学研究数据的主要存储库。它提供了对 4,200 多项经过处理的研究（3,790 多项公开可用）的编程访问、通过 RefMet 标准化代谢物命名法以及跨多个分析平台（GC-MS、LC-MS、NMR）的强大搜索功能。
按照埃里克·托波尔 (Eric Topol) 的《基本事实》(Ground Truths) 的风格创建高质量、基于证据的医学通讯。这项技能指导完整的时事通讯创建过程：从分析 PDF 主题思想，到深入的 PubMed 研究，再到以 Topol 独特的权威而又平易近人的声音进行写作。
Medchem 是一个用于药物发现工作流程中的分子过滤和优先级排序的 Python 库。应用数百个完善的新型分子过滤器、结构警报和药物化学规则，大规模有效地对化合物库进行分类和优先排序。规则和过滤器是特定于上下文的 - 与领域专业知识相结合作为指南。
Matchms 是一个用于质谱数据处理和分析的开源 Python 库。从各种格式导入光谱、标准化元数据、过滤峰值、计算光谱相似性并构建可重复的分析工作流程。
MarkItDown是微软开发的一款Python工具，用于将各种文件格式转换为Markdown。它对于将文档转换为 LLM 友好的文本格式特别有用，因为 Markdown 具有令牌效率并且可以被现代语言模型很好地理解。
