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Pysam 是一个用于读取、操作和写入基因组数据集的 Python 模块。使用 htslib 的 Pythonic 接口读取/写入 SAM/BAM/CRAM 比对文件、VCF/BCF 变体文件和 FASTA/FASTQ 序列。查询 tabix 索引文件，执行覆盖率的堆积分析，并执行 samtools/bcftools 命令。
PyOpenMS 提供与 OpenMS 库的 Python 绑定以进行计算质谱分析，从而能够分析蛋白质组学和代谢组学数据。用于处理质谱文件格式、处理光谱数据、检测特征、识别肽/蛋白质以及执行定量分析。
Pymoo 是一个全面的 Python 优化框架，重点关注多目标问题。使用最先进的算法（NSGA-II/III、MOEA/D）、基准问题（ZDT、DTLZ）、可定制的遗传算子和多标准决策方法来解决单目标和多目标优化。擅长为目标相互冲突的问题寻找权衡解决方案（帕累托前沿）。
Pymatgen 是一个用于材料分析的综合 Python 库，为材料项目提供支持。创建、分析和操纵晶体结构和分子，计算相图和热力学性质，分析电子结构（能带结构，DOS），生成表面和界面，并访问材料项目的计算材料数据库。支持来自各种计算代码的 100 多种文件格式。
PyLabRobot 是一款与硬件无关的纯 Python 软件开发套件，适用于自动化和自主实验室。使用此技能通过跨平台（Windows、macOS、Linux）工作的统一 Python 界面来控制液体处理机器人、读板器、泵、加热摇床、培养箱、离心机和其他实验室自动化设备。
PyHealth 是一个用于医疗保健 AI 的综合 Python 库，为临床机器学习提供专用工具、模型和数据集。在开发医疗保健预测模型、处理临床数据、使用医疗编码系统或在医疗保健环境中部署人工智能解决方案时，请使用此技能。
Pydicom 是一个纯 Python 包，用于处理 DICOM 文件，这是医学成像数据的标准格式。此技能提供有关读取、写入和操作 DICOM 文件的指导，包括使用像素数据、元数据和各种压缩格式。
PyDESeq2 是 DESeq2 的 Python 实现，用于使用批量 RNA-seq 数据进行差异表达分析。设计和执行从数据加载到结果解释的完整工作流程，包括单因素和多因素设计、具有多重测试校正的 Wald 测试、可选的 apeGLM 收缩以及与 pandas 和 AnnData 的集成。
PufferLib 是一个高性能强化学习库，专为快速并行环境模拟和训练而设计。它通过优化的矢量化、本机多代理支持和高效的 PPO 实现 (PuffeRL) 实现每秒数百万步的训练。该库提供了包含 20 多个环境的 Ocean 套件，并与 Gymnasium、PettingZoo 和专门的 RL 框架无缝集成。
PubMed 是美国国家医学图书馆的综合数据库，提供免费访问 MEDLINE 和生命科学文献。使用布尔运算符、MeSH 术语和字段标签构建高级查询，通过 E-utilities API 以编程方式访问数据，以进行系统评价和文献分析。
PubChem 是世界上最大的免费化学数据库，包含 1.1 亿多种化合物和 2.7 亿多种生物活性。按名称、CID 或 SMILES 查询化学结构，检索分子属性，执行相似性和子结构搜索，使用 PUG-REST API 和 PubChemPy 访问生物活性数据。
Protocols.io 是一个用于开发、共享和管理科学协议的综合平台。该技能提供了与protocols.io API v3的完全集成，支持以编程方式访问协议、工作区、讨论、文件管理和协作功能。
.pptx 文件是包含 XML 文件和资源的 ZIP 存档。使用文本提取、原始 XML 访问或 html2pptx 工作流程创建、编辑或分析 PowerPoint 演示文稿。将此技能应用于程序化演示文稿创建和修改。
Polars 是一个基于 Apache Arrow 构建的用于 Python 和 Rust 的闪电般快速的 DataFrame 库。使用 Polars 基于表达式的 API、惰性求值框架和高性能数据操作功能，实现高效数据处理、pandas 迁移和数据管道优化。
通过 LiteLLM 和 OpenRouter 使用 Perplexity 模型执行人工智能驱动的网络搜索。 Perplexity 提供实时、基于网络的答案以及来源引文，使其成为查找当前信息、最新科学文献以及超出模型训练数据截止范围的事实的理想选择。
同行评审是评估科学手稿的系统过程。评估方法、统计、设计、再现性、道德和报告标准。通过建设性、严格的评估，将此技能应用于跨学科的手稿和拨款审查。
使用 Python 库和命令行工具提取文本/表格、创建 PDF、合并/拆分文件、填写表单。将此技能应用于程序化文档处理和分析。有关高级功能或表单填写，请参阅 reference.md 和 forms.md。
RCSB PDB 是生物大分子 3D 结构数据的全球存储库。搜索结构、检索坐标和元数据，在 200,000 多个实验确定的结构和计算模型中执行序列和结构相似性搜索。
PathML 是一个用于计算病理学工作流程的综合 Python 工具包，旨在促进全幻灯片病理图像的机器学习和图像分析。该框架提供了模块化、可组合的工具，用于加载不同的幻灯片格式、预处理图像、构建空间图、训练深度学习模型以及分析来自 CODEX 和多重免疫荧光等技术的多参数成像数据。
这项技能可以使用 Paper2All 自主管道将学术论文转换为多种推广和演示格式。该系统将研究论文（LaTeX 或 PDF）转换为三个主要输出：
